静磁界からの影響はなく、 通常操作モードで撮像すれば羊水や胎児に温度上昇が認められないことが確認されていますが、器官形成期の第1三半期間（妊娠期間の最初の1/3）約14週までは慎重であるべきです。これは、女性の下腹部や腰椎のMRI検査をした場合、成人に対するラジオ周波数パルスは部分的な照射となりますが、胎児にとってはて全身照射となるからです。
2016年9月6日、医学雑誌JAMAに胎児MRI施行における胎児および出生後の小児への影響について「妊娠初期に胎児MRIを行った胎児は、行っていない胎児と比較して、成長障害、視力、聴力、発がんなど明らかな影響は認められなかった」と発表がありましたが、「MRIを実施しても差支えがない」と述べている訳ではありません。MRI検査の必要性を十分に検討して医師と相談のうえ対応してください。